ТЕМА:

Я не знаю в каком состояние файл

Ну убрал, и все равно ошибка завершается ошибкой.
Как я понял он ругается на utl_file.fflush
Если его убрать то он вставляет то кол-во символов, которое определено в
UTL_FILE.fopen

Какой ошибкой завершает?

CREATE OR REPLACE PROCEDURE WRITE_CLOB
. . . .
end;

PROCEDURE WRITE_CLOB compiled

(без EXCEPTION)

далее

declare
txt clob;
begin
select text into txt from a
where id=1;
WRITE_CLOB(txt,'DIR','new2.txt');
end;


И собственно ошибка

Error report:
ORA-29283: недопустимая операция с файлом
ORA-06512: на "SYS.UTL_FILE", line 536
ORA-29283: недопустимая операция с файлом
ORA-06512: на "USR.WRITE_CLOB", line 13
ORA-06512: на line 6
29283. 00000 - "invalid file operation"
*Cause: An attempt was made to read from a file or directory that does
not exist, or file or directory access was denied by the
operating system.
*Action: Verify file and directory access privileges on the file system,
and if reading, verify that the file exists.

Смотри что за вызов у тебя стоит в строке 6. И есть ли на сервере каталог DIR.
разрешено ли пользователю, от которого запускается сервер, в него писать?

обойтись вызовом dbms_xslprocessor.clob2file, не?